Angel Beats! Berättelsen följer huvudperson Otonashi, en pojke som förlorat sina minnen av sitt liv efter att dö. Efter uppvaknande i livet efter detta, möter han entjej som heter Yuri, som uppmanar honom att gå med i Afterlife Battlefront ShindaSekai Sensen( SSS) en organisation som hon grundade och leder som kämpar mot Gud för det grymma öden värdepappersavvecklingssystemet. Medlemmar med dokumenterad erfarenhet i livet. Deras enda fiende i världen är skolanselevrådsordförande Angel, en varelse med övernaturliga krafter som slåss mot SSS. Yuri tror att alla som följer Angels order och beter sig som en vanlig elev på skolan så småningom kommer att försvinna och föra vidare. Dock kommer de som uppfyller sina drömmar i livet efter detta förmedla också.